یکی از دغدغه‌ های مهمی که همیشه در آموزشگاه‌ ها مطرح بوده، جداسازی کلاس‌ها بر اساس جنسیت دانش ‌آموزان است. گاهی اوقات تعداد پسران یا دختران در کلاس بسیار کم است و به حد نصاب مورد نیاز نمی ‌رسد. اما وزارت آموزش و پرورش اجازه نمی ‌دهد کلاس‌ ها به صورت مختلط برگزار شوند.

موضوع دیگر این است که ممکن است مشکلی در پیدا کردن اساتید ماهر همجنس وجود داشته باشد. قانون و نظام آموزش و پرورش بر این اصل تأکید دارد که استادان و دانش‌ آموزان باید همجنس باشند؛ اما در سطوح آموزشی بالا، این مسئله به دلیل محدویت هایی که وجود دارد امکان ‌پذیر نیست.

اخیراً، مسأله نوسازی نیز چالش برانگیز شده است. با توجه به هزینه ‌های بالای اجاره، آموزشگاه ‌ها درگیر موضوعی هستند که باید یک ساختمان نوساز و مطابق با استانداردهای سازمان نوسازی ارائه دهند؛ اما این موضوع باعث تعطیلی برخی از آموزشگاه‌ ها شده است.