۱-پیشگویی تولد قبل از ولادت

نخستین ویژگی امام محمد باقر علیه السلام؛ پیشگویی ولادت امام پنجم، توسط رسول الله(ص) پنجاه سال قبل از ولادت آن حضرت. در روایت آمده است: پیامبر به جابربن عبدالله انصاری فرموند: بدرستي كه تو بزودی مردی از اهل بيت مرا درك مي كني كه او هم نام من، هم شکل من و شكافنده علم است(باقر). هر وقت او را ملاقات كردي سلام مرا به او برسان.

۲-ملقّب شدن به باقر، پنجاه سال قبل از تولد

جابر بن عـبـداللّه انـصـارى می گوید شـنـيـدم از رسـول خـدا (ص) كه فرمود: اى جابر! تو زنده مى مانى تا ملاقات مى نمايى پسرم محمّد بن على بن الحسين بن على بن ابـى طـالب عـليـهـم السـلام را كـه معروف است در تورات به باقر، پس هرگاه ملاقات كردى او را از جانب من به او سلام برسان.

 ۳- تنها امامی که هم علویست و هم هاشمی

 چراکه امام محمدِ باقر(ع) پدرش امام سجاد فرزند امام حسین علیهما السلام و مادرش فاطمه دختر امام حسن علیه السلام است  بنابراین او اولین امام شیعه، از نسل هر دو نوه پیامبر(ص) امام حسن و حسین علیهماالسلام است.

۴- شاهد واقعه کربلا درچهار سالگی

 امام باقر علیه السلام شاهد واقعه عاشورا از(کربلا تاشام) ونجات دهنده اُسرای واقعه از(مرگ حتمی)  است،چراکه امام باقر (ع) خود در مورد حضورش در کربلا، فرمود:

«جدّم امام حسین (ع) کشته شدند، در حالی که من چهار ساله بودم و کشته شدن او را به یاد می آورم. ایشان فرمودند: یزید با اطرافیانش در مورد اسراء مشورت کرد، اطرافیان یزید، به او پیشنهاد دادند همه را به قتل برسان. اینجا امام باقر(ع) در سن کودکی، شروع به سخن می‌کند: بعد از حمد و ثناء الهی به یزید خطاب می‌کند: پیشنهاد اطرافیانت بر خلاف پیشنهاد اطرافیان فرعون در امر موسی(ع) و هارون(ع) است، زیرا آنان در مشورت به فرعون، گفتند: به موسی و هارون مهلت بده، ولی اطرافیان تو، کشتن ما خاندان اهل بیت پیامبر را پیشنهاد می کنند، این امر، علتی دارد. یزید گفت: علتش چیست؟ امام باقر(ع) فرمود: اطرافیان فرعون حلال‌زاده بودند و اطرافیان تو حرام زاده اند و همانا، پیامبران و فرزندانشان را جز حرام‌زادگان نمی‌کشند! یزید در مقابل  استدلال  امام باقر(ع) چهار ساله، جوابی نداشت و در فکر فرو رفت و بعد دستور داد با بردن آنان از مجلس، رسوایی اش، بیش از این نشود. (اثبات الوصیه مسعودی، ص۱۸۱)

۵- طی ۵۷ سال، معاصر با ۱۰ خلیفه اموی ومروانی بودند.

امام باقر علیه السلام در طول ۵۷ سال در دوره قبل و بعد از امامت با ده خلیفه اموی ومروانی معاصر بوده است که چنین امری درحیات سیاسی هیچ امامی نبوده است.

۶-تاسیس قواعد اصولي و ریل گذاری برای اجتهاد.

ششمین خصوصیت ویژه امام باقر علیه السلام تاسیس قواعد اصولي چون قاعده استصحاب، قاعده یقین، قاعده تجاوز وفراغ، قاعده لاضرر، قاعده لاتُعاد، قاعده علاج تعارض بین اخبارو.. که می تواند درون مایه اجتهاد درتمام ابواب فقه باشد.

۷- گسترش احادیث اهل بیت علیهم السلام توسط امام باقر و امام صادق علیهما السلام.

آنقدر دو امام پنجم و ششم در تفسیر آيات و ترویج سنت پیامبر(ص) موفق بودند که بیش از دو سوم روایات صادر شده از جانب معصوم(ع) توسط این دو امام بزرگوار است.

۸- گسترش علم کلام ومناظرات توسط امام باقر علیه السلام.

از جمله مناظره امام علیه السلام با اشخاص ذیل است:  ۱-مناظره امام با اسقف مسیحیان. ۲-مناظره با حسن بصر. ۳-مناظره با هشام بن عبدالملک. ۴-مناظره با محمد بن منکدر. ۵-مناظره با نافع بن ازرق. ۶-مناظره با عبدالله بن معمر لیثی. ۷-مناظره با قتادة بن دعامة.

۹- تشکیل کلاس درس وتربیت نخبگان علمی.

 امام باقر علیه السلام در آموزشگاه دینی خود چهارصد نفر نخبه چون؛  اَبانِ بن تَغلِب، زُرارة بن اَعیُن، جابر بن یزید بن حارث جُعفی، محمد بن مسلم ثقفی کوفی، عبدالملک بن اَعیُن، سلیمان بن خالد، برید بن معاویه عِجلی، کُمیت اسدی، ابوخالد کابِلی، فضیل بن یَسار، ابوالصباح کَنانی، جذب وبه عنوان فقیه، کلامی و مفسر تربیت کردند.

۱۰-شناسنامه دار کردن واقعه کربلا.

 امام باقر علیه السلام درکنار جهاد علمی، نهضت سیاسی به شناسنامه دار کردن واقعه عاشورا پرداختند، تا واقعه عاشورا برای همیشه زنده بماند وشیعه پیوند سیاسی عمیق و معنا داری با حماسه حسینی برای همیشه در تاریخ داشته با شد.