امام خمینی در سخنرانی مدرسه علمیه فیضیه قم، بعدازظهر عاشورا ۱۳ خرداد ۱۳۴۲ حکومت محمدرضا پهلوی را به حکومت یزید تشبیه کرد و همین سخنرانی دستگیری امام را رقم زد.
صبح روز ۱۵ خرداد ۱۳۴۲ مردم قم و خیلی از شهرها متوجه دستگیری امام شدند و اعتراض کردند. دانشجویان دانشگاه تهران کلاس‌های درس را تعطیل کردند و بازاریان بازارها را بستند. این اعتراضات و تظاهرات تا دو روز بعد ادامه داشت و تعداد زیادی از مردم در این دو روز مجروح شده یا به شهادت رسیدند که مشروح آن را در ادامه می‌خوانید؛
در ساعت ۴ بعد از نیمه شب کامیون‌های نظامی در بیرون شهر متوقف شدند، صدها کماندو و چترباز و سرباز گارد وارد قم شدند و سراسر کوچه محل زندگی امام و فرزندش را محاصره کردند. مأموران امنیتی رژیم برای دستگیری حضرت امام، که آن شب در منزل فرزندش حاج آقا مصطفی بودند، آمده بودند.
سراسر کوچه محل زندگی امام و فرزندش را محاصره کردند و پس از دستگیری حضرت امام، ایشان را با اتومبیل فولکس یکی از کارمندان ساواک قم یکسره به تهران انتقال دادند و ابتدا به باشگاه افسران و سپس به پادگان عشرت‌آباد بردند.
پس از دستگیری امام و انتقال این خبر از سوی حاج آقا مصطفی به مردم قم، طوفانی از خشم در بین اهالی قم ایجاد شد و راهپیمایی عظیمی در شهر به راه افتاد و در اثر مقابله مأموران مسلح درگیری و کشتار مردم تا ساعتها ادامه یافت. دامنه تظاهرات لحظه به لحظه گسترش پیدا کرد، از قم شروع شد، به سراسر پایتخت و ورامین رسید. توده‌های مسلمان از خانه‌ها بیرون ریختند، بازارها، مغازه‌ها و دکان‌ها را تعطیل کردند و شور و غلغله‌ای همراه با قهر و غضب به پا شد.
سیدمحمد بهاءالدینی که بسیاری از وقایع آن روز را به چشم خود دیده است در سایت مؤسسه مطالعات و پژوهش‌های سیاسی، می‌گوید: «درگیری کنار پل آهنچی و کوچه آبشار روی داد. در کوچه آبشار خون مثل آب در جویها جاری بود. نظامی‌ها افراد زیادی را نیز در مدرسه فیضیه کشتند. در در و دیوارهای کوچه‌ها خون جاری بود.»
حاج حسین کشور، یکی دیگر از شاهدان عینی رخدادهای روز ۱۵ خرداد در قم، در سایت مؤسسه مطالعات و پژوهش‌های سیاسی، دیده‌های خود را چنین روایت می‌کند: «پس از شنیدن خبر دستگیری حضرت امام خمینی، جمعیتی به راه انداختیم و رفتیم داخل صحن حضرت معصومه (س)، ما مردها سلاح به دست به طرف خیابان تهران حرکت کردیم. یک وقت دیدیم که ماشین‌های حامل کماندوها به طرف ما می‌آیند و حدود سی تا چهل ماشین می‌شدند، من فریاد زدم بچه‌ها قمه‌ها را بکشید. قمه‌ها را کشیدیم و به طرف ماشین‌ها حمله کردیم. برق قمه‌ها زیر نور خورشید کماندوها را ترساند. ماشین‌ها هم از دستپاچگی به همدیگر خوردند و چپ شدند.»
حجت‌الاسلام والمسلمین سیدهادی خسروشاهی نیز که در آن روز در صحن مطهر حضرت معصومه (س) حضور یافته بود، از زاویه‌ای دیگر مشاهدات خویش را در سایت مؤسسه مطالعات و پژوهش‌های سیاسی، چنین یادآوری می‌کند: «روز پانزده خرداد ما در صحن مطهر حضرت معصومه (س) بودیم. دو فروند هواپیمای فانتوم آمدند دیوار صوتی را شکستند. صدای وحشتناکی ایجاد شد. فریادهای کماندوها را شنیدیم که از جریان حمله به مدرسه فیضیه سابقه آنها را داشتیم. فهمیدیم که قصد دارند در صحن به مردم حمله کنند مردم که اغلب به سلاح سرد مسلح بودند، ناخودآگاه از صحن مطهر خارج شدند و در خیابان‌ها حرکت کردند. عده‌ای از مردم محله چهارمردان و عزاداران حسین (ع) با قمه‌ها و شمشیرهای خاصی که از قدیم داشتند به میان جمعیت آمدند. از روی پل آهنچی که می‌گذشتیم، آن طرف پل نیروهای ارتش را دیدیم که مستقر شدند. ناگهان شروع کردند به تیراندازی و مردم را به رگبار بستند. همه شروع کردند به گریختن. تیراندازی وحشتناکی بود. من همراه آقای علی حجتی کرمانی بودم. چاره‌ای نداشتیم جز اینکه از کوچه‌ای که منزل مرحوم آقای مرعشی نجفی در آن بود به سمت خانه برگردیم. مدتی نگذشت که تظاهرات کاملاً سرکوب شد. عده زیادی کشته شده بودند و مردم شروع کردند به رسیدگی به مجروحان و دسته دسته آنها را به بیمارستانها بردند. بعضی از بیمارستانها مجروحان را نمی‌پذیرفتند …».
حجت‌الاسلام سیدمحمد کوثری معتقد است که «اولین شهدای پانزدهم خرداد از پل آهنچی به آن طرف تا داخل کوچه آبشار شهید شدند. شاید حدود پانصد یا ششصد نفر در آنجا به شهادت رسیدند و زخمی شدند. مردم در آنجا وضع خیلی پریشان پیدا کردند. یک عده هم به طرف خیابان امام کنونی خیابان تهران آن موقع رفتند و در آنجا باز مورد حمله واقع شدند که عده‌ای هم در آنجا به شهادت رسیدند. در این جاها یعنی کوچه آبشار و خیابان امام شهید و زخمی زیاد بود و خون زیادی جاری شد.»
بازاریان تهران با شنیدن خبر دستگیری حضرت امام به تدریج از ساعت‌های اولیه صبح روز ۱۵ خرداد در مسجد شاه تجمع کردند و اندکی بعد با تظاهرات در خیابان‌ها اعتراض خود را نسبت به دستگیری آیت‌الله خمینی و علما و وعاظ اعلام کردند. آنان برای مقابله با هجوم نیروهای انتظامی در برخی از خیابان‌ها به سنگربندی پرداختند.
سیدعباس زری‌باف ضمن روایت مشاهدات خویش به اشعار و نوحه‌هایی اشاره می‌کند که آن روز در بین مردم زمزمه می‌شد: «روز پانزده خرداد، منزل یکی از دوستان در سرچشمه جلسه برقرار بود. جمعیت را با یک شعار زنده و انقلابی آماده می‌کردیم که بیرون بیایند و به طرف بازار بروند. ناگهان دیدیم صدای تیراندازی بلند شد. از سر بازار کفاشها خبر آوردند که طاهری افسر بلندقامت و سیاه رو شهربانی مردم را درو می‌کند. به ما گفتند صلاح نیست که امروز به بازار بروید. ما هم یک دم ساده سر دادیم و سینه‌زنان به طرف بازار آمدیم. به آنجا که رسیدیم هرچه در توان داشتیم کمک کردیم.وضع عجیبی بود، یکی پایش تیر خورده بود، دیگری شکمش زخمی شده بود. بالاخره آن روز هر کاری از دستمان برمی‌آمد انجام می‌دادیم. نوحه‌هایی نیز زمزمه می‌کردیم: نهضت کربلا شد در عالم به پا تا که خون خدا ریختند اشقیا
آیت‌الله بنی‌فضل از خاطراتش چنین یاد کرده است: در ورامین مردم مشغول عزاداری بودند. یکی از برادران نوحه خیلی زیبایی می‌خواند صدای زیبای او را هنوز به یاد دارم، آقایی به نام مقدس خدا او را رحمت کند میاندار هیئت بود. بلافاصله به میان جمعیت رفتم و خبر دستگیری حضرت امام را به آنها دادم. با صدای بلند گفتم: مردم، حاج آقا روح‌الله را دستگیر کردند. حالا شما آمدید اینجا به سر و سینه خود می‌زنید؟ بعد از رساندن این پیام به جمع دوستان برگشتم. کفن‌پوشانی از ورامین و روستاهای اطراف آن به تظاهرات پرداختند. نزدیک پل باقرآباد مردم را به گلوله بستند و جمع زیادی را به شهادت رساندند …». آن روز عده زیادی از مردم کفن‌پوش ورامین در نزدیک پل باقرآباد توسط عوامل رژیم قتل‌عام شدند و کنترل اوضاع به دست عوامل حکومت افتاد.
صاحبان چرخ‌های دستی‌ای که در بازار تهران کار می‌کردند با جمع‌آوری سنگ و آجر از اطراف به کمک بازاریان آمدند. در گزارش یکی از مأموران ساواک، در سایت مؤسسه مطالعات و پژوهش‌های سیاسی، آغاز تظاهرات مردم و نحوه فعالیت‌های آنان چنین توضیح داده شده است: «از ساعت ۹/۱/۲ صبح امروز چند دسته عزاداری در بازار و حسینیه‌های بازار مشغول عزاداری بودند و عده‌ای نیز در حدود ۱۵۰ نفر در مسجد شاه اجتماع نموده و قصد تظاهراتی داشته‌اند ولی چون زمینه برای کار آنها مساعد نبوده از مسجد خارج شده و به دسته‌جات دیگری که در بازار و حسینیه‌های آن بوده‌اند ملحق شده و در این ساعت (۱۰:۳۰) جمعیت به دو هزار نفر بالغ گردیده است و هر لحظه رو به اضافه شدن است و در ضمن عده‌ای از آنها چوب در دست دارند و به مغازه‌هایی که باز است خساراتی وارد می‌کنند و مأمورین پلیس که عده آنها محدود است مشغول تخلیه بازار از افراد و دسته‌جات هستند و به طوری که مأمور ویژه گزارش می‌دهد تظاهرکنندگان مدعی هستند که آیت‌الله خمینی و فلسفی واعظ و حاج اشرف کاشانی نهاوندی بازداشت شده‌اند و باید برای آزادی آنها اقدام نمایند و به همین جهت فعلاً از بازار بزرگ به طرف خیابان سرازیر شده و با تظاهر در حرکت هستند و وضع بازار به این ترتیب کاملاً غیرعادی است. ضمناً براثر تظاهرات شدید و حمله جمعیت به بعضی از مغازه‌ها از طرف نیروی انتظامی تعداد ۱۵ تیر شلیک هوایی شده و ابتدا اجتماع متفرق و مجدداً به یکدیگر ملحق شده و با دستجات دیگر در سبزه‌میدان و خیابان پیروز با پلیس گلاویز و مشغول زد و خورد هستند».
راجع به بازتاب کشورهای همجوار نسبت به قیام پانزده خرداد در آرشیو پرونده‌های اسناد ساواک در مرکز اسناد انقلاب اسلامی آمده است: شیعیان پاکستان به حمایت از امام خمینی تظاهرات کردند و با مقابله پلیس پاکستان مواجه شدند. شیخ محمود شلتوت، رئیس دانشگاه الازهر مصر، اقدام مستبدانه دولت ایران را علیه رهبران مذهبی تقبیح کرد.
جراید غربی نیز با درج گزارش‌هایی به ریشه‌یابی واقعه پرداختند، از جمله روزنامه لوموند پاریس در ارزیابی خود، علت قیام را بی‌عدالتی و بحران اقتصادی و فساد در دستگاه حکومتی ذکر کرد و یادآور شد که از نظر مردم اصلاحات شاه تحت تأثیر امریکایی‌ها بوده است.
ولی روزنامه ایزوستیا ارگان رسمی دولت شوروی در حمایت از اصلاحات شاه به روحانیان تاخته آنان را مرتجع خواند. دفاع مطبوعات شوروی از برنامه‌های اصلاحی شاه مسرت خاطر وی را فراهم ساخت.
روزنامه اورشلیم پُست در واکنش به حوادث ایران اظهار امیدواری کرد که این جریان در روابط ایران با اسرائیل اثر سوئی نخواهد داشت و «دولت ایران اجازه نخواهد داد که سیاست خارجی او را عوام‌فریبان دیکته کنند».
امام خمینی که در فروردین ۱۳۴۳ از حصر آزاد شد و به قم بازگشت، در نخستین اعلامیه خود از مصیبت پانزده خرداد یاد کرد و اظهار کرد که «تا ملت عمر دارد غمگین در مصیبت ۱۵ خرداد است.»
پیش از پیروزی انقلاب اسلامی، در سالگرد این قیام، همه ساله برای زنده نگه‌داشتن یاد شهدای ۱۵ خرداد و رویارویی مستقیم امام خمینی با حکومت شاه، مراسم یادبودی به صورت غیررسمی و مخفیانه در قم برگزار می‌شد، از جمله در ۱۷ خرداد ۱۳۵۴ در مدرسه فیضیه قم، گروهی از طلاب با برپایی مجلسی برای بزرگداشت دوازدهمین سالگشت قیام، به ابراز مخالفت با حکومت پهلوی پرداختند که به هجوم مأموران دولتی و دستگیری ۳۵۰ تن از طلاب منجر شد.
امام پس از پیروزی انقلاب اسلامی به پاس قیام دینی پانزده خرداد و به یاد شهدا و مصیبت دیدگان واقعه، روز پانزده خرداد را مِثلِ روزِ عاشورا دانست، عزای عمومی اعلام کرد و گفت: «این روز در عین‌حال که مصیبت بود، از آن جهت که به استقلال و آزادی کشور منتهی شد، مبارک است.» امام راحل اسم این روز را روزِ تولد جدید اسلام و مسلمانان نامگذاری کرد.
